Alcune domande sul DNA

Antonio ha scritto: Gentile professoressa, non riesco a capire perché si parli di legame fosfodiesterico 3'-5' nel DNA e non, viceversa, di legame 5'-3'. E' un errore usare quest'ultima designazione? Che si intende per polarità 3'-5' del DNA? Che differenza c'è tra polarità e antiparallelismo? Per caso possiamo usare "antipolarità" come sinonimo di "antiparallelismo" riguardo alle due catene di DNA? La ringrazino in anticipo! Rispondo così: Caro Antonio, come ben ricorderai, la molecola di DNA è composta da due filamenti che vengono definiti "antiparalleli". La motivazione risiede nel fatto che mentre uno ha direzione 3'-5', il suo filamento complementare ha direzione 5'-3', cioè contraria alla precedente. Questi numeri si riferiscono agli atomi di carbonio della molecola del deossiribosio: un gruppo fostato si lega tramite legame covalente sia al carbonio 3' di un deossiribosio, sia al carbonio 5' del nucleotide successivo. Tale legame viene definito fosfodiesterico e avviene tramite reazione di condensazione tra il monosaccaride e il gruppo fosfato, con eliminazione di una molecola d'acqua. Pertanto direi che non è errato usare una sequenza o l'altra nell'esprimere il legame, perché dipende a quale dei due filamenti si fa riferimento. Quando invece si parla di "polarità" del filamento del DNA, si fa riferimento al fatto che al termine dei due filamenti antiparalleli rimanga un gruppo fosfato libero in posizione 5', che sarà responsabile della carica e quindi della polarità di quel filamento. Siccome i due filamenti sono antiparalleli, essi avranno polarità opposta, perché espongono la terminazione 5' libera non simultaneamente ma da parti opposte della molecola. Ritengo che polarità e antiparallelismo si riferiscano a caratteristiche differenti dei filamenti che compongono la molecola del DNA e che quindi non possano essere utilizzati come sinonimi. Ti allego una immagine che ti aiuta a visualizzare quanto esposto. Buon lavoro!

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